3.2 Les packages avec R
Toutes les fonctions de R sont regroupées en bibliothèques de fonctions appelées packages. Ces bibliothèques de fonctions permettent de réaliser des tâches particulière regroupées sous un même thème (p. ex., faire des graphiques, travailler avec des données géoréférencées). Par exemple, plusieurs fonctions graphiques sont incluses dans le package graphics, alors que le package base comprend des fonctions de base permettant à R d’agir comme un langage, et que le package stats regroupe plusieurs fonctions pour exécuter des analyses statistiques classiques. Lors de l’installation de R, une série de packages sont installés par défaut. Quelques packages sont activés au démarrage de R, et chacun contient des fonctions de base pour manipuler des objets, importer des fichiers, exécuter des analyses classiques, et créer plusieurs types de graphiques. Dès que l’on désire effectuer des manipulations, des analyses ou des graphiques plus complexes, ou accéder à un jeu de données dans un format moins conventionnel, on doit activer le package qui contient la fonction que l’on désire utiliser.
3.2.1 Activer un package
Pour activer un package, il suffit d’utiliser la fonction library( ), en spécifiant le nom du package entre parenthèses. Par exemple, si on veut accéder à une fonction du package MASS, on procéderait comme suit:
Pour connaître les packages déja installés sur notre ordinateur, on utilise la commande library( ), sans spécifier quoi que ce soit entre parenthèses. Autrement, il est aussi possible d’utiliser help.start( ) pour naviguer vers la page web des packages à l’aide d’hyperliens. En consultant la liste des packages sur cette page, on peut voir les fonctions incluses dans chacun des packages installés.
3.2.2 Installer un package
Lorsque la fonction que nous voulons utiliser n’est pas incluse dans un des packages installés par défaut, nous devons télécharger le package contenant la fonction d’intérêt à partir du site de CRAN (Comprehensive R Archive Network) ou l’un de ses sites miroirs. Ce site a été décrit dans le premier document sur l’installation de R (Installation de R et choix d’un éditeur) et veuillez y référer pour de plus amples informations. %Une fois téléchargé, le package s’installe automatiquement
Le nombre de packages disponibles augmente continuellement. Ces packages contiennent des fonctions créées par des utilisateurs et sont offerts aux utilisateurs à travers la planète afin de réaliser des tâches spécifiques dans R (Figure 3.6, 3.7). En date du 9 septembre 2019, on en comptait plus de 14900.
Figure 3.6: Section du site de R et de ses sites miroirs réservée aux packages.
Figure 3.7: Page des packages contenant des liens vers la liste complète des packages.
La liste des packages par ordre alphabétique permet de visualiser rapidement tous les packages disponibles dans CRAN (Figure 3.8).
Figure 3.8: Liste des packages par ordre alphabétique.
Lorsqu’on cherche le package qui contient une fonction particulière dont on connaît le nom, par exemple, une fonction mentionnée dans un article scientifique, dans une page web ou par un collègue, on peut faire une recherche directement à l’aide de RSiteSearch( )12 puisque cette fonction va chercher dans les archives de R sur le web.}.
Pour trouver une fonction qui réalise une tâche quelconque, on peut également faire une recherche directement sur le site Web http://search.r-project.org/ . Disons que l’on désire importer le fichier vers.xlsx dans R sans avoir à convertir ce fichier Excel en format texte. Nous devrons chercher s’il existe une fonction pour importer des fichiers Excel directement dans R. Pour trouver cette fonction, on écrit "read Excel files" dans la fenêtre de recherche (Figure 3.9).
Figure 3.9: Résultat de RSiteSearch(‘read Excel files’).
Parmi la liste des résultats, on observe que les trois premières entrées sont des fonctions qui permettent d’importer des fichiers Excel. Nous devons tenir compte du et de la auxquels ces entrées correspondent pour choisir un package. Nous attirons votre attention sur la troisième entrée qui réfère au package readxl (Figure 3.9). On peut par la suite aller voir directement dans la liste des packages de R pour le package readxl (Figure 3.10). Cette page contient plusieurs fichiers, dont le manuel (Reference manual) en format pdf. Ce document inclut les pages d’aide de toutes les fonctions de ce package. C’est en inspectant ce document que l’on peut comprendre comment utiliser les fonctions d’un nouveau package. Les sections d’exemples (Examples) illustrent l’utilisation des factions et s’avèrent particulièrement utiles.
Figure 3.10: Page du package readxl avec l’archive des fichiers comportant toutes les fonctions codées en R (fichier tar.gz), ainsi que le manuel en pdf
Dans notre cas, on remarquera la présence de la fonction read_excel() qui permet d’importer directement un jeu de données stocké dans un fichier Excel. À noter que le jeu de données doit tout de même respecter les conventions pour l’importation des jeux de données, telles que le nom des variables, la présence de données manquantes, le caractère spécifiant la décimale et la structure du fichier (format long). Ainsi, il faudra tout de même choisir la feuille du fichier Excel sur laquelle se trouvent les données.
L’installation d’un package s’effectue à l’aide de la fonction install.packages( ) en spécifiant le nom du package d’intérêt entre guillemets à l’aide de l’argument pkgs. Il faut donc être branché au réseau internet lorsqu’on veut télécharger et installer un package sur notre système. On peut aussi spécifier l’adresse du site miroir de R avec l’argument repos, sans quoi, une fenêtre s’ouvrira nous demandant de sélectionner un site afin de télécharger les fichiers du package que l’on veut installer.
Cette commande lance le téléchargement et l’installation du package readxl à partir du site de miroir de Toronto. Dans certains cas, des fonctions d’un package dépendent de fonctions provenant d’autres packages, c’est ce qu’on appelle la dépendance entre deux packages. La gestion des dépendances est faite automatiquement par R. En d’autres mots, si le package que nous désirons installer dépend d’un autre package, les deux seront installés automatiquement. Une fois installé, le package peut être utilisé à n’importe quel moment. Pour utiliser une fonction d’un package nouvellement installé, il faut tout d’abord activer le package à l’aide de la fonction library( ).
Toutes les fonctions du package activé seront alors accessibles. Nous pourrons ensuite importer le fichier vers.xlsx:
##importation du fichier
##attention au bon chemin menant vers
##le fichier
vers <- read_excel("Module_3/data/vers.xlsx")
head(vers)## # A tibble: 6 × 7
## Site Superficie Pente Vegetation pH.sol Humide Densite.vers
## <chr> <dbl> <dbl> <chr> <dbl> <chr> <dbl>
## 1 Nashs.Field 3.6 11 Prairie 4.1 FALSE 4
## 2 Silwood.Bottom 5.1 2 Arable 5.2 FALSE 7
## 3 Nursery.Field 2.8 3 Prairie 4.3 FALSE 2
## 4 Rush.Meadow 2.4 5 Pre 4.9 TRUE 5
## 5 Gunness.Thicket 3.8 0 Chaparral 4.2 FALSE 6
## 6 Oak.Mead 3.1 2 Prairie 3.9 FALSE 23.2.3 Mettre à jour un package
Les packages sont mis à jour de temps à autre par leurs auteurs et il est fortement conseillé de vérifier les mises à jour à l’aide de la fonction update.packages( ). Évidemment, il faut être branché à l’internet afin de réaliser cette opération. En utilisant cette commande sans rien spécifier entre parenthèses, R vérifiera la version des packages installés sur notre système et les comparera aux versions les plus récentes des packages dans les sites miroirs. Si les versions des packages sur notre système sont moins récentes que celles sur le site de R, chaque package sera identifié et il faudra indiquer si on désire mettre à jour chacun des packages pours lesquels il existe une mise à jour.
Les mises à jour peuvent amener des correctifs à des fonctions déjà présentes ou ajouter de nouvelles fonctions. Par conséquent, il est fortement recommandé de faire la vérification de temps à autre. Une vérification deux à trois fois par année pourrait suffire si vous utilisez des packages établis depuis plusieurs années. Si vous employez des packages développés récemment (version < 1), il est préférable de vérifier les mises à jour un peu plus souvent.
3.2.4 Désactiver un package
Lorsque vous avez terminé d’utiliser un package que vous avez activé pendant votre session de travail, il est possible de le désactiver à l’aide de la fonction detach( ). Par exemple, pour désactiver le package readxl qui a été activé plus haut, on exécute la commande :
detach(package:readxl)
##une fois le package désactivé, read_excel n'est plus accessible
vers <- read_excel("vers.xlsx") #donne un message d'erreurAvec près de 15000 packages de R disponibles sur CRAN, il est fort possible de trouver des fonctions ayant des noms identiques dans des packages différents. Cela peut entraîner des conflits entre certains packages lorsqu’ils sont activés lors de la même session. Dans de tels cas, la fonction du package activé en dernier masquera la fonction du même nom du package activé plus tôt pendant la session de travail. Pour éviter des problèmes, il est préférable d’activer uniquement les packages qui sont utilisés pendant une session de R donnée, plutôt que de systématiquement activer une multitude de packages à chaque fois qu’on travaille dans R.
3.2.5 Désinstaller un package
En de très rares occasions, nous aurons besoin de désinstaller un package. La fonction remove.packages( ) permet de désinstaller un package spécifié avec l’argument pkgs.
Une raison possible de désinstaller un package est lorsqu’une mise à jour d’un package n’a pu être réalisée avec succès. Ceci serait indiqué par un message d’erreur lors de la mise à jour. Un changement de dépendances d’un package entre deux versions peut causer une telle erreur. Dans une pareille situation, il suffit de désinstaller l’ancienne version du package à l’aide de remove.packages( ) et d’installer la nouvelle version du package avec install.packages( ).
Rappel: il faut être connecté à l’internet pour utiliser la fonction
RSiteSearch( )↩︎