Programmation avec R

Ce document a pour but d’illustrer les bases nécessaires afin de se familiariser avec R. Pour les personnes qui n’ont jamais rencontré cet environnement, nous recommandons très fortement de répéter les exemples afin de bien comprendre la syntaxe et les subtilités de la programmation en ce qui est devenu la lingua franca des statistiques. Dans ce document, le code R est distingué du reste du texte en utilisant une police monospace comme celle-ci. Aussi, vous remarquerez que le symbole > précède toujours les commandes illustrées dans les exemples du document. Ce symbole indique que les commandes pourraient être saisies dans la console R ou dans l’éditeur.

Vous utiliserez les fonctions suivantes :

RSiteSearch( )
c( )
rep( )
seq( )
class( )
length( )
all( ), any( ), all.equal( ), identical( )
which( ), which.min( ), which.max( )
ifelse( )
paste( )
matrix( )
diag( )
colSums( ), colMeans( )
data.frame( )
str( ), dim( ), nrow( ), ncol( ), names( ), rownames( ), colnames( )
summary( ), head( ), tail( )
read.table( )
setwd( )
subset( )
sort( )
table( )
xtabs( )
reshape( )
save( ), write.table( ), load( )

Vous utiliserez les données suivantes :

Le fichier vers.txt dans la partie théorique qui contient des données sur l’abondance des vers de terre dans différents types de parcs publics et le fichier richesse.txt dans la partie exercices. Les données peuvent être téléchargées ici.