Module 7 Analyse de variance à deux critères

Dans la leçon précédente, nous avons vu l’application de l’analyse de la variance (ANOVA) dans des expériences où il n’y avait qu’un seul critère de classification (ou facteur). Les observations étaient classées selon un seul facteur en un nombre donné de groupes. Nous pouvions ainsi tester l’influence de ce facteur (p. ex., le sexe) sur la variable réponse. Dans d’autres cas, les données peuvent être réparties selon deux facteurs ou critères de classification. Par exemple, nous pourrions avoir une expérience qui étudie la concentration de calcium dans le plasma sanguin (la variable réponse) selon le traitement hormonal (avec traitement vs sans traitement) pour des individus selon leur sexe (mâle vs femelle). Nous pouvons généraliser l’ANOVA en présence de plusieurs facteurs. En présence de deux facteurs, nous réaliserons l’ANOVA à deux critères de classification (c.-à-d., facteurs).

Vous utiliserez les fonctions suivantes :
  • read.table( ), head( ), str( )
  • as.factor( )
  • boxplot( )
  • table( )
  • mean( ), sum( ), sqrt( )
  • length( )
  • nrow( )
  • qqnorm( ), qqline( )
  • plot( ), axis( ), points( ), arrows( ), text( ), par( ), legend( ), mtext( )
  • aov( )
  • summary( )
  • TukeyHSD( )
  • expand.grid( )
  • predict( )
  • qt( )
  • exp( )
  • tapply( )
  • data.frame( )
  • residuals( )
  • log( )
Vous utiliserez les données suivantes :

Dans la partie Lecon, les fichiers suivantes sont utilisés :

  • Le fichier calcium.txt sur l’effet d’un traitement hormonal sur la concentration de calcium dans le plasma sanguin chez des oiseaux mâles et femelles.
  • Le fichier croissance.csv sur l’effet du type de moulée (avoine, blé ou orge) et du type de supplément alimentaire (agrimore, control, supergain et supersupp) sur le gain en masse en kg de bétail après 6 semaines.
  • Le fichier antibio.txt sur l’effet de la concentration d’un antibiotique et de l’humidité sur la croissance d’une espèce de bactéries que l’on peut cultiver en laboratoire dans des plats de Pétri contenant un substrat de sucres appelé agar-agar.

Dans la partie Laboratoire, le fichier Longueur_poisson.txt est utilisé. Il présente la longueur en cm d’une espèce de poisson.

Les données peuvent être téléchargées ici.