Pour débuter avec R

Une des particularités de R est qu’il ne contient qu’une interface graphique minimale, aussi connue sous le nom de GUI (Graphical User Interface, Figure 0.6). Pour GNU/Linux, il n’y a aucune interface graphique avec l’installation de base. On doit communiquer avec R sous forme de commandes.

Plusieurs utilisateurs sont déconcertés à la vue d’un curseur clignotant dans un terminal en cette ère des fenêtres graphiques élaborées dans la plupart des logiciels grand public. On peut taper des commandes directement au terminal, mais cette pratique est peu utile si on veut reproduire l’analyse plus tard. Nous suggérons plutôt d’écrire les commandes dans un éditeur afin de pouvoir les sauvegarder, les annoter abondamment de commentaires et de les modifier au besoin. Un fichier de code rédigé dans certains langages informatiques est appelé communément script . Ainsi, nous appellerons script le fichier de code R.

Figure 0.6: Interface graphique minimale sous MS-Windows.

Pour un projet donné, on peut créer un script R contenant le code qui va de l’importation des données jusqu’aux graphiques qui illustrent les résultats. L’avantage de rédiger un script est non négligeable: on peut reproduire exactement et rapidement l’importation d’un jeu de données, les manipulations, les analyses statistiques et les graphiques tels qu’ils ont été exécutés à l’origine. Les mêmes étapes sont plus laborieuses et enclines à l’erreur avec un logiciel statistique où il faut répéter exactement une séquence de clics de souris.

Bien qu’il existe quelques interfaces graphiques pour exécuter des analyses classiques en R telles que R Commander (http://socserv.mcmaster.ca/jfox/Misc/Rcmdr/), nous ne recommandons pas leur utilisation si vous désirez adopter R à long terme. De plus, les interfaces graphiques ne peuvent couvrir qu’un éventail très restreint des analyses possibles avec R.

Un script de code R est une feuille de route des progrès réalisés dans un projet d’analyse que l’on peut partager avec des collaborateurs ou recycler au besoin pour des projets ultérieurs. La flexibilité et la transparence qu’apporte l’usage de scripts justifient amplement l’apprentissage du langage R.